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Tu vas voir autant de méthode de rangement qu'il n'y a de joueurs ^^. Pour ma part je stocke tout dans des longues boite qui stockent 550 cartes avec pochettes, 900 sans, faites pour la taille des cartes et vendus entre 2 et 3€ l'une. J'en ai 24 mais j'ai tout le jeu et même plein plein de proxy (entre 1/3 et 1/2 des cartes) donc je pense que avec 10 tu en auras déjà pour très longtemps ^^.
Pour les protèges cartes je reste sur des ultra pro rigides pour les scénarios (3€ les 50 en gros). C'est pas les plus résistantes mais elles sont suffisamment moins chères pour que cela reste les plus rentables. Après transparentes ou opaque c'est à toi de voir selon que tu veuilles voir le dos des cartes ou faire des proxys (et si c'est le cas noir est la meilleure couleur).
Pour les decks je prends des paquets de protèges cartes de plein de couleurs différentes, histoire de différencier facilement les decks. Et du coup je pioche dans toutes les marques connues pour avoir la palette de couleur la plus grande. Moins d'ultra pro, car ces decks je les joue assez souvent pour que l'usure soit plus gênante et que des dragonshield, par exemple, vaillent plus l'investissement.
Et enfin mes cartes joueurs en excédent je les mets sous protège carte souple (1€ les 100 au moins cher), c'est le moins cher et cela les protège jusqu’à ce que je les joue (ou à jamais pour les plus nulles ^^).