Les règles disent, je crois "si le deck de rencontre est épuisé pendant la phase de quête, reconstituer le en mélangeant la défausse". En pratique, si le deck est épuisé (depuis le tour précédent), dès que la phase de quête commence, on le remélange. Par contre, s'il est épuisé pendant un combat (cartes ombre) on ne touche à rien avant la prochaine phase de quête (sauf effet de carte, bien sûr)
Moi je fais comme ça, mais je ne sais pas si la FAQ a des précisions.